清水断崖分层主要是由于其复杂的地质构造和漫长的地质演化过程。
清水断崖位于台湾东海岸，处于板块交界地带，在漫长的地质历史时期，太平洋板块与欧亚板块持续碰撞挤压，这种强烈的地壳运动使得原本不同性质、不同年代的岩石受到不同程度的挤压、褶皱、断裂等作用。
古老的岩层在下部，随着地质作用不断抬升并遭受风化、侵蚀等，新的地层又在上方堆积或受到后续地质活动影响而叠加其上，从而形成了清水断崖明显的分层现象，呈现出不同岩石层相互叠置的独特地质景观 。
